Nöraminidaz-oseltamivir etkileşiminin homoloji modellemesi, moleküler kenetleme ve moleküler dinamik teknikleri ile analizi / (Record no. 200436712)

000 -LEADER
fixed length control field 07447nam a2200493 i 4500
003 - CONTROL NUMBER IDENTIFIER
control field TR-AnTOB
005 - DATE AND TIME OF LATEST TRANSACTION
control field 20191126165749.0
007 - PHYSICAL DESCRIPTION FIXED FIELD--GENERAL INFORMATION
fixed length control field ta
008 - FIXED-LENGTH DATA ELEMENTS--GENERAL INFORMATION
fixed length control field 171111s2018 xxu e mmmm 00| 0 eng d
035 ## - SYSTEM CONTROL NUMBER
System control number (TR-AnTOB)200436712
040 ## - CATALOGING SOURCE
Original cataloging agency TR-AnTOB
Language of cataloging eng
Description conventions rda
Transcribing agency TR-AnTOB
041 0# - LANGUAGE CODE
Language code of text/sound track or separate title Türkçe
099 ## - LOCAL FREE-TEXT CALL NUMBER (OCLC)
Classification number TEZ TOBB FBE BMM YL’19 GÖK
100 1# - MAIN ENTRY--PERSONAL NAME
Personal name Gökçe, Gizem
Relator term author
9 (RLIN) 126235
245 10 - TITLE STATEMENT
Title Nöraminidaz-oseltamivir etkileşiminin homoloji modellemesi, moleküler kenetleme ve moleküler dinamik teknikleri ile analizi /
Statement of responsibility, etc. Mehmet Ali Yavuz ; thesis advisor Murat Kadri Aktaş.
246 11 - VARYING FORM OF TITLE
Title proper/short title Analysis of neuraminidase-oseltamivir interactions via homology modeling, docking and molecular dynamics techniques
264 #1 - PRODUCTION, PUBLICATION, DISTRIBUTION, MANUFACTURE, AND COPYRIGHT NOTICE
Place of production, publication, distribution, manufacture Ankara :
Name of producer, publisher, distributor, manufacturer TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü,
Date of production, publication, distribution, manufacture, or copyright notice 2019.
300 ## - PHYSICAL DESCRIPTION
Extent xvi, 76 pages :
Other physical details illustrations ;
Dimensions 29 cm
336 ## - CONTENT TYPE
Source rdacontent
Content type code txt
Content type term text
337 ## - MEDIA TYPE
Source rdamedia
Media type code n
Media type term unmediated
338 ## - CARRIER TYPE
Source rdacarrier
Carrier type code nc
Carrier type term volume
502 ## - DISSERTATION NOTE
Dissertation note Tez (Yüksek Lisans)--TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Haziran 2019
520 ## - SUMMARY, ETC.
Summary, etc. Yeni bir ilaç molekülünün tasarlanması, sentezlenmesi ve onaylanıp piyasaya sürülmesi yıllar süren ve milyarca dolarlık maliyet gerektiren bir süreçtir. Bu sürecin hızlandırılması ve maliyetin azaltılması için bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışmaları kullanılmaya başlanmıştır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı, ligand ile protein arasındaki bağlanma kinetiği ve ligandın bağlanma bölgesi bilgilerine dayanarak potansiyel ilaç moleküllerini belirlemek için kullanılır. Bu tez kapsamında örnek olay incelemesi olarak influenza A virüsü seçilmiş ve bu virüs üzerinde bir yüzey proteini olan Nöraminidaz (NA) proteini kullanılmıştır. Mevsimsel H1N1 influenza A virüsü, insan sağlığını olumsuz yönde en çok etkileyen virüslerden bir tanesidir ve her yıl ciddi oranda hastalık ve ölüme neden olmaktadır. Günümüz dünyasındaki jenerik antiviral ilaçlar (oseltamivir (OTV), zanamivir (ZMR), peramivir (PRV) ve laninamivir (LNR)), Nöraminidaz enziminin aktivitesini engellemek üzere tasarlanmıştır. Ancak, virüslerde meydana gelen mutasyonlar, virüslerin ilaçlara karşı direnç kazanmalarına ve bu nedenle antiviral ilaçların etkilerini yitirmelerine neden olabilmektedir. Bu nedenle, ilaçların hedef aldığı yapılardaki direnç mekanizmalarının anlaşılması, günümüzde kullanılan ilaçların verimliliğini belirleyebilmek ve yeni ilaç tasarımları yapabilmek için büyük önem taşımaktadır. Bu amaç doğrultusunda, çalışmada öncelikle, ilaç direnci gösterdiği bilinen mutant NA proteinlerinin, kristal yapısı mevcutsa PDB (Protein Data Bank)'den, kristal yapısı mevcut değilse de homoloji modellemesi ile moleküler yapıları elde edilmiştir. Daha sonra, protein-ligand etkileşimlerini gözlemlemek amacıyla bu yapılar kullanılarak NA ve ilaç molekülü için moleküler yerleştirme (docking) çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar ile, ilaç moleküllerinin NA proteini üzerindeki bağlanma bölgesi ve konformasyonları belirlenmiş ve mevcut deneysel kristal yapılarla karşılaştırmaları yapılmıştır. Son olarak, şemsiye örneklemesi (umbrella sampling) yöntemi ile, ligand ile kompleks halinde kristal yapısı bilinen NA'lar kullanılarak ligandın proteinden minimum enerjiye sahip yolaklar üzerinden uzaklaştırılması sırasındaki kuvvetler hesaplanmış, deneysel ve diğer hesaplamalı yöntemlerle karşılaştırmalar yapılmıştır. Böylelikle, bilgisayar destekli çalışmalar kullanılarak bir protein-ligand sistemi için gerçek hayata en yakın ve doğru sonuçları veren yöntem ve simülasyon parametreleri belirlenmiştir. Bu çalışmaların, ilaçların etki mekanizmalarının anlaşılmasında ne tür bilgisayar destekli yöntemlerin kullanılması gerektiği konusunda yol göstererek, olası mutasyonlar sonucunda karşılaşılan yeni tip virüslere var olan ilaçların etkilerinin belirlenmesinde ve/veya yeni ilaçların geliştirilmesinde yardımcı olması beklenmektedir.
Summary, etc. Designing, synthesizing and approving a new drug molecule and driving it to the market is a process that takes years and costs billions of dollars. Computer aided drug design studies have begun to be used to accelerate this process and reduce costs. Computer aided drug design is mainly used to identify potential drug molecules based on the binding kinetics between ligand and protein, and the binding site of the target protein. In this study, Neuraminidase (NA), which is a surface protein on influenza A virus, was selected as a case study. The seasonal H1N1 influenza virus is one of the viruses that affects human health in a negative way, causing serious morbidity and mortality rates every year. In today's world, generic antiviral drugs are designed to inhibit the activity of NA, such as oseltamivir (OTV), zanamivir (ZMR), peramivir (PRV) and laninamivir (LNR). However, mutations that occur in viruses can cause them to gain resistance to drugs and thus antiviral drugs may lose their effects. For this reason, understanding of the protein-ligand binding kinetics is of great importance for determining the efficacy of drugs and further designing new drugs. The structures of various NA proteins have been obtained either directly from the Protein Data Bank (PDB) if the structure has experimentally solved or predicted with homology modeling if no structure available. Then, docking studies for NA and drug molecule, which is OTV, were performed to observe protein-ligand interactions. With docking, conformations of OTV with different energy levels that bind to various regions on NA were determined and compared to the crystal structures if exists. On the other hand, since docking studies alone may not be sufficient in protein-ligand interaction tests, we also carried out molecular dynamics simulations to navigate the optimal direction for oseltamivir to find a proper way out of the NA binding pocket without any or with minimum steric hindrance and then pull this small molecule from NA via umbrella sampling pulling simulations. The rationale behind umbrella sampling is that the more force OTV needs to be pulled, the more tightly it binds to NA. As a result, we developed methods that will enable us to understand/predict the efficacy of drug molecules using computer aided studies. This study may give us a chance for understanding the severity of viral epidemics and will be a guide for discovering new drugs that may be urgently needed for upcoming life-threatening viral infections.
650 #7 - SUBJECT ADDED ENTRY--TOPICAL TERM
Topical term or geographic name entry element Tezler, Akademik
9 (RLIN) 32546
653 ## - INDEX TERM--UNCONTROLLED
Uncontrolled term H1N1 influenza virüsü
Uncontrolled term İlaç direnci
Uncontrolled term Moleküler dinamik simülasyonları
Uncontrolled term Homoloji modellemesi
Uncontrolled term Şemsiye örneklemesi
Uncontrolled term Moleküler kenetleme
Uncontrolled term H1N1 influenza virus
Uncontrolled term Drug resistance
Uncontrolled term Homology modeling
Uncontrolled term Molecular docking
Uncontrolled term Molecular dynamics simulations
Uncontrolled term Umbrella sampling
Uncontrolled term
700 1# - ADDED ENTRY--PERSONAL NAME
Personal name Ören, Ersin Emre
Relator term advisor
9 (RLIN) 126236
710 ## - ADDED ENTRY--CORPORATE NAME
Corporate name or jurisdiction name as entry element TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Subordinate unit Fen Bilimleri Enstitüsü
9 (RLIN) 77078
856 40 - ELECTRONIC LOCATION AND ACCESS
Uniform Resource Identifier https://tez.yok.gov.tr/
Materials specified Ulusal Tez Merkezi
942 ## - ADDED ENTRY ELEMENTS (KOHA)
Koha item type Thesis
Source of classification or shelving scheme
Holdings
Withdrawn status Lost status Source of classification or shelving scheme Not for loan Collection code Permanent Location Current Location Shelving location Date acquired Source of acquisition Full call number Barcode Date last seen Copy number Date shelved Koha item type
      Ödünç Verilemez-Tez / Not For Loan-Thesis Tezler Merkez Kütüphane Merkez Kütüphane Tez Koleksiyonu / Thesis Collection 2019-11-26 Bağış / Donation TEZ TOBB FBE BMM YL’19 GÖK TZ01025 2019-11-26 1 2019-11-28 Thesis

This software was implemented, installed by Devinim Software Training Consulting .