MARC details
| 000 -LEADER |
|---|
| fixed length control field |
04611nam a2200385 i 4500 |
| 003 - CONTROL NUMBER IDENTIFIER |
|---|
| control field |
TR-AnTOB |
| 005 - DATE AND TIME OF LATEST TRANSACTION |
|---|
| control field |
20230908001004.0 |
| 007 - PHYSICAL DESCRIPTION FIXED FIELD--GENERAL INFORMATION |
|---|
| fixed length control field |
ta |
| 008 - FIXED-LENGTH DATA ELEMENTS--GENERAL INFORMATION |
|---|
| fixed length control field |
171111s2022 xxu e mmmm 00| 0 eng d |
| 035 ## - SYSTEM CONTROL NUMBER |
|---|
| System control number |
(TR-AnTOB)200450059 |
| 040 ## - CATALOGING SOURCE |
|---|
| Original cataloging agency |
TR-AnTOB |
| Language of cataloging |
eng |
| Description conventions |
rda |
| Transcribing agency |
TR-AnTOB |
| 041 0# - LANGUAGE CODE |
|---|
| Language code of text/sound track or separate title |
Türkçe |
| 099 ## - LOCAL FREE-TEXT CALL NUMBER (OCLC) |
|---|
| Classification number |
TEZ TOBB FBE MNT YL’22 ÖZK |
| 100 1# - MAIN ENTRY--PERSONAL NAME |
|---|
| Personal name |
Özkaya, Didem |
| Relator term |
author |
| 9 (RLIN) |
138500 |
| 245 10 - TITLE STATEMENT |
|---|
| Title |
Peptitlerin altın (au) {111}-yüzeyi ile etkileşimlerinin incelenmesi / |
| Statement of responsibility, etc. |
Didem Özkaya; thesis advisor Ersin Emre Ören. |
| 246 13 - VARYING FORM OF TITLE |
|---|
| Title proper/short title |
Analysis of Peptide-Gold (au) {111}-Surface Interactions |
| 264 #1 - PRODUCTION, PUBLICATION, DISTRIBUTION, MANUFACTURE, AND COPYRIGHT NOTICE |
|---|
| Place of production, publication, distribution, manufacture |
Ankara : |
| Name of producer, publisher, distributor, manufacturer |
TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü, |
| Date of production, publication, distribution, manufacture, or copyright notice |
2022. |
| 300 ## - PHYSICAL DESCRIPTION |
|---|
| Extent |
xiv, 55 pages : |
| Other physical details |
illustrations ; |
| Dimensions |
29 cm |
| 336 ## - CONTENT TYPE |
|---|
| Content type term |
text |
| Content type code |
txt |
| Source |
rdacontent |
| 337 ## - MEDIA TYPE |
|---|
| Media type term |
unmediated |
| Media type code |
n |
| Source |
rdamedia |
| 338 ## - CARRIER TYPE |
|---|
| Carrier type term |
volume |
| Carrier type code |
nc |
| Source |
rdacarrier |
| 502 ## - DISSERTATION NOTE |
|---|
| Dissertation note |
Tez (Yüksek Lisans Tezi)--TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Ağustos 2022 |
| 520 ## - SUMMARY, ETC. |
|---|
| Summary, etc. |
Proteinler ve peptitler, doğada yaşam için gerekli olan, metabolik reaksiyonları katalize etme, DNA replikasyonu, moleküler taşınım, yumuşak ve sert doku (kemik, diş) oluşumu da dahil olmak üzere çok çeşitli hayati işlevler ve süreçlerde yer alırlar. Günümüzde, protein ve peptitler biyonanoteknolojide inorganik malzemeler (Ag, SiO2, TiO2, Pd, Pt, grafene, hidroksiapatit, vb.) ile bütünleşmiş bir şekilde, biyosentez, biyoalgılayıcılar, ilaç taşınımı ve hedeflenmesi gibi çeşitli alanlarda kullanılmaktadır. Burada, peptitlerin malzemelere spesifik olarak bağlanabilmeleri cihaz performanslarını etkilemektedir. Spesifik bağlanma peptitlerin amino asit sekanslarına ve dolayısı ile yapılarına bağlıdır. Günümüzde, inorganik malzemelere bağlanabilen peptitler doğadan esinlenerek ve/veya deneysel kombinatoryal seçim yöntemleri kullanılarak bulunmaktadır. Bu nedenlerle, inorganik malzemeler ile peptitler/proteinler arasındaki etkileşimlerin anlaşılması ve istenilen malzemeye özgü ve istenilen özelliklerde peptit/protein tasarımı teknolojik gelişim için çok önemlidir. Altın, iletken bir inorganiktir ve yüzey modifikasyonuna uygundur ve peptitlerle modifiye edildiğinde biyogörüntüleme, biyosensörler, kanser tedavisi ve ilaç taşınımı gibi pratik uygulamalarda kullanılabilir. Bu tez kapsamında, peptitlerin Au {111}-yüzeyi ile etkileşim mekanizmasını anlamak için atomistik modelleme yöntemleri (NAMD) kullanılmıştır. Yapılan çalışmalar ile altına bağlandığı bilinen peptitlerin bağlanma mekanizmaları ortaya çıkarılmış, buna ek olarak peptitlerin amino asit dizilimleri ve Au {111}-yüzeyleri ile bağlanma yapıları ve afiniteleri optimize edilerek peptit tasarlanmıştır. |
|
|---|
| Summary, etc. |
Proteins are known to have a role in mineral nucleation, growth, and structure creation, as well as providing molecular scaffolding for the formation of soft and hard tissues such as bone and dental tissues. Today in bionanotechnology, proteins and peptides are used in various fields such as biosynthesis, biosensors, drug delivery and targeting, integrated with inorganic materials (Ag, SiO2, TiO2, Pd, Pt, graphene, hydroxyapatite, etc.). Here, specific binding of peptides to materials affects device performance and this specifity is related to peptide sequences and structures. Today, these peptides are selected with inspration from nature or combinatorial selection methods. So, a deeper understanding of interactions between inorganic materials and peptides/proteins and design of peptides with desired specifity and properties is very important for the improvement of technology. Gold is a highly conductive inorganic and amenable to surface modifications. When gold is functionalized with peptides, it has practical applications such as bioimaging, biosensors, cancer therapy and drug delivery. In this research, we use atomistic methods (NAMD) to understand how peptides interact with Au {111}-surface. In this study, the binding mechanisms of well known peptides that binds to Au {111}-surface are found out. In addition, two peptides are designed via optimization of peptide sequences, binding structures and affinities to Au {111}-surface. |
| 653 ## - INDEX TERM--UNCONTROLLED |
|---|
| Uncontrolled term |
Moleküler dinamik |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Peptit tasarımı |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Konformasyonel tarama |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Molecular dynamics |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Peptide design |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Conformational search |
| 700 1# - ADDED ENTRY--PERSONAL NAME |
|---|
| Personal name |
Ören, Ersin Emre |
| 9 (RLIN) |
126236 |
| Relator term |
advisor |
| 710 ## - ADDED ENTRY--CORPORATE NAME |
|---|
| Corporate name or jurisdiction name as entry element |
TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi. |
| Subordinate unit |
Fen Bilimleri Enstitüsü |
| 9 (RLIN) |
77078 |
| 942 ## - ADDED ENTRY ELEMENTS (KOHA) |
|---|
| Koha item type |
Thesis |
| Source of classification or shelving scheme |
Other/Generic Classification Scheme |
