DNA origami nanoyapıların yapısal kararlılığının ve elektronik özelliklerinin moleküler dinamik ve yoğunluk fonksiyonel teorisi simülasyonları ile incelenmesi / (Record no. 200454092)

MARC details
000 -LEADER
fixed length control field 07286nam a2200457 i 4500
003 - CONTROL NUMBER IDENTIFIER
control field TR-AnTOB
005 - DATE AND TIME OF LATEST TRANSACTION
control field 20230914111850.0
007 - PHYSICAL DESCRIPTION FIXED FIELD--GENERAL INFORMATION
fixed length control field ta
008 - FIXED-LENGTH DATA ELEMENTS--GENERAL INFORMATION
fixed length control field 171111s2022 xxu e mmmm 00| 0 eng d
035 ## - SYSTEM CONTROL NUMBER
System control number (TR-AnTOB)200454092
040 ## - CATALOGING SOURCE
Original cataloging agency TR-AnTOB
Language of cataloging eng
Description conventions rda
Transcribing agency TR-AnTOB
041 0# - LANGUAGE CODE
Language code of text/sound track or separate title Türkçe
099 ## - LOCAL FREE-TEXT CALL NUMBER (OCLC)
Classification number TEZ TOBB FBE MNT Ph.D’23 DEM
100 1# - MAIN ENTRY--PERSONAL NAME
Personal name Demir, Büşra
Relator term author
9 (RLIN) 123561
245 10 - TITLE STATEMENT
Title DNA origami nanoyapıların yapısal kararlılığının ve elektronik özelliklerinin moleküler dinamik ve yoğunluk fonksiyonel teorisi simülasyonları ile incelenmesi /
Statement of responsibility, etc. Büşra Demir; thesis advisor Ersin Emre Ören.
246 13 - VARYING FORM OF TITLE
Title proper/short title Investigation of the structural stability and electronic properties of DNA origami nanostructures by simulations of molecular dynamics and density functional theory
264 #1 - PRODUCTION, PUBLICATION, DISTRIBUTION, MANUFACTURE, AND COPYRIGHT NOTICE
Place of production, publication, distribution, manufacture Ankara :
Name of producer, publisher, distributor, manufacturer TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü,
Date of production, publication, distribution, manufacture, or copyright notice 2023.
300 ## - PHYSICAL DESCRIPTION
Extent xxi, 101 pages :
Other physical details illustrations ;
Dimensions 29 cm
336 ## - CONTENT TYPE
Content type term text
Content type code txt
Source rdacontent
337 ## - MEDIA TYPE
Media type term unmediated
Media type code n
Source rdamedia
338 ## - CARRIER TYPE
Carrier type term volume
Carrier type code nc
Source rdacarrier
502 ## - DISSERTATION NOTE
Dissertation note Tez (Doktora Tezi)--TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Ağustos 2023
520 ## - SUMMARY, ETC.
Summary, etc. Deoksiribonükleik asit (DNA) canlılarda genetik bilgiyi oluşturan temel moleküldür. Bunun yanı sıra, tamamlayıcı nükleotid çiftlerinin kendilerine has etkileşimleri ve nükleotidlerin istenilen diziler halinde kolayca üretilebilmesi nedeniyle nanoteknoloji uygulamalarında önemli bir potansiyele sahiptir. Uzun, tek iplikli DNA molekülünün, daha kısa iplikli DNA'lar ile birleştirilmesi sonucunda, "DNA Origami" olarak adlandırılan, istenilen şekillerde iki veya üç boyutlu nanoyapılar elde edilebilmektedir. DNA origami nanoyapılar, ilaç taşınımı, biyoalgılayıcı, inorganik malzeme sentezi gibi çeşitli uygulamalı araştırmaların yanı sıra üretim kolaylığı nedeniyle, son yıllarda hız kazanan moleküler elektronik uygulamaları için de yüksek potansiyele sahiptir. Bahsedilen bu uygulamalar için DNA origami kullanılarak cihazların üretilebilmesi ve uzun süreli dayanıklılığı, tasarlanan nanoyapılarının yapısal kararlılıklarını korumasına ve ayrıca elektronik özelliklerinin uygulamaya yönelik olarak tasarlanabilmesine bağlıdır. DNA origami yapısının kararlılığının geometri, sarmal sayısı ve çevresel koşullara bağlı olduğu bilinse de bu etkilerin doğası şimdiye kadar çok az anlaşılmıştır. Ayrıca yapısal değişikliklerin DNA origamilerin elektronik özellikleri üzerindeki etkilerini anlamak yeni elektronik cihazların geliştirilmesi için önemlidir. Bu tez kapsamında AMBER ve NAMD programları ile moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak farklı DNA origami nanoyapılarının üç boyutlu yapıları modellendi. DNA origami nanoyapılarının konformasyonları üzerinde üç farklı parametrenin etkileri modelleme yöntemleri ile araştırıldı: 1) altın (111) yüzeyi, 2) DNA sarmallarının bağlantı noktalarının sıklığı ve 3) tuz konsantrasyon farkı. DNA origami yapılarını temsil eden daha küçük çift sarmal DNA molekülleri oluşturuldu ve altın (111) yüzeyiyle etkileşimler nedeniyle meydana gelen yapısal deformasyonların elektronik özelliklere olan etkileri GAUSSIAN programı kullanılarak incelendi. Ayrıca, biyoelektronik uygulamalar için DNA origami nanoyapısının 1,2-Dioleoil-sn-glisero-3-fosfokolin (DOPC) lipit çift tabakası içerisindeki yapısal kararlılığı araştırıldı. Daha sonra genişletilmiş Hückel metodu ve yoğunluk fonksiyonel teorisi hesaplamaları ile enerji bant diyagramları ve moleküler orbital pozisyonları araştırıldı. DNA origami yapılarında elektriksel iletkenliğin sarmallar arasındaki iletimi incelendi. Bu çalışmaların DNA origamilerin yapısal kararlılıklarının anlaşılmasına ve DNA origami yapılarının uzun vadeli kullanımının önünü açarak ileride nanoteknolojik yeni cihazların ve uygulamaların geliştirilmesine katkı sağlaması beklenmektedir.
Summary, etc. Deoxyribonucleic acid (DNA) is the fundamental molecule that is responsible from the genetic information in living organisms. It also has a great potential in nanotechnology applications due to its unique interactions of complementary base pairs and the ability to be produced easily in a desired sequence. Combination of a long, single DNA strand with shorter DNA strands can result in desired two- or three – dimensional nanostructures which is called "DNA Origami". DNA origami nanostructures have a high potential for various applied research such as drug delivery, biosensing, inorganic material synthesis, as well as molecular electronics applications, which have gained momentum in recent years due to their ease of production. DNA origami nanostructures designed for these applications should maintain their structural stability and should be able to be designed with desired properties for electronic applications. Although it is known that the stability of the DNA origami structures depends on geometry, helix number, and environmental conditions, the nature of these effects has so far been poorly understood. In addition, understanding the effects of structural changes on the electronic properties of DNA origami is crucial for the development of new electronic devices. In this thesis, three-dimensional structures of different DNA origami nanostructures were modeled by using molecular dynamics methods with AMBER and NAMD programs. The effects of three different parameters on the conformation of DNA origami nanostructures were investigated via modeling methods: 1) gold (111) surface, 2) frequency of junction points of DNA helixes, and 3) salt concentration difference. Smaller double-stranded DNA molecules representing DNA origami structures were created and the effects of structural deformations due to the gold (111) surface on electronic properties were inspected using the GAUSSIAN program. In addition, the structural stability of the DNA origami nanostructure within the 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC) lipid bilayer for bioelectronic applications was examined. Then, energy band diagrams and molecular orbital positions were studied with Extended Hückel and density functional theory calculations. The transmission of electrical conductivity between the helices in DNA origami structures was explored. It is expected that these studies will contribute to the development of new nanotechnological devices and applications in the future by paving the way for the understanding of the structural stability of DNA origami and the long-term use of DNA origami structures.
653 ## - INDEX TERM--UNCONTROLLED
Uncontrolled term DNA origami
Uncontrolled term Moleküler elektronik
Uncontrolled term Moleküler dinamik
Uncontrolled term Yoğunluk fonksiyonel teorisi
Uncontrolled term Teori ve modelleme
Uncontrolled term Yük taşınımı
Uncontrolled term DNA origami
Uncontrolled term Molecular electronics
Uncontrolled term Molecular dynamics
Uncontrolled term Density functional theory
Uncontrolled term Theory and modeling
Uncontrolled term Charge transport
700 1# - ADDED ENTRY--PERSONAL NAME
Personal name Ören, Ersin Emre
9 (RLIN) 126236
Relator term advisor
710 ## - ADDED ENTRY--CORPORATE NAME
Corporate name or jurisdiction name as entry element TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi.
Subordinate unit Fen Bilimleri Enstitüsü
9 (RLIN) 77078
942 ## - ADDED ENTRY ELEMENTS (KOHA)
Koha item type Thesis
Source of classification or shelving scheme Other/Generic Classification Scheme
Holdings
Withdrawn status Lost status Source of classification or shelving scheme Not for loan Collection code Home library Current library Shelving location Date acquired Source of acquisition Total Checkouts Full call number Barcode Date last seen Copy number Date shelved Koha item type
    Other/Generic Classification Scheme Ödünç Verilemez-Tez / Not For Loan-Thesis Tezler Merkez Kütüphane Merkez Kütüphane Tez Koleksiyonu / Thesis Collection 14/09/2023 Bağış / Donation   TEZ TOBB FBE MNT Ph.D’23 DEM TZ01567 14/09/2023 1 14/09/2023 Thesis
Devinim Yazılım Eğitim Danışmanlık tarafından Koha'nın orjinal sürümü uyarlanarak geliştirilip kurulmuştur.